মোংলা কাস্টম হাউস বাংলাদেশের দুটি সামুদ্রিক কাস্টম হাউসের মধ্যে একটি। মোংলা কাস্টম হাউস প্রাথমিকভাবে আমদানি পর্যায়ে সমস্ত শুল্ক-কর সংগ্রহের কাজে নিয়োজিত। সরকারী রাজস্ব সংগ্রহের পাশাপাশি এটি বাণিজ্য সহজীকরণ, সরকারী প্রবিধান প্রয়োগ, সমাজ ও পরিবেশ সুরক্ষা, বৈদেশিক বাণিজ্য পরিসংখ্যান প্রস্তুত, বাণিজ্য সহজিকরন এবং সাংস্কৃতিক ঐতিহ্য রক্ষার কাজেও নিয়োজিত।

মোংলা কাস্টম হাউস জাতীয় রাজস্ব বোর্ডের আওতাধীন একটি সংস্থা। জাতীয় রাজস্ব বোর্ড (জারাবো) রাজস্ব প্রশাসনের শীর্ষ সংস্থা। এটি বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান এর নির্দেশনায় ১৯৭২ সালের রাষ্ট্রপতি আদেশ নং - ৭৬ দ্বারা গঠিত হয়েছে।  প্রশাসনিকভাবে জাতীয় রাজস্ব বোর্ড অর্থ মন্ত্রনালয়ের অভ্যন্তরীণ সম্পদ বিভাগের অধীন এটি পরিচালিত হয়।  অভ্যন্তরীণ সম্পদ বিভাগের সচিব জারাবো'র এক্স-অফিসিও চেয়ারম্যান ও প্রশাসনিক প্রধান।

জাতীয় রাজস্ব বোর্ডের প্রধান দায়িত্ব হলো কাস্টমস, আয়কর ও মূল্য সংযোজন কর সংক্রান্ত বিধি-বিধান তৈরি এবং তার আলোকে যথাযথ কর (রাজস্ব) আদায় করা। এ ছাড়াও চোরাচালান প্রতিরোধ, শুল্ক-কর সংক্রান্ত আন্তর্জাতিক চুক্তি সম্পাদন ও সরকারের রাজস্ব নীতি সংক্রান্ত যেকোনো বিষয়ে প্রতিনিধিত্ব করা। জাতীয় রাজস্ব বোর্ড কাস্টমস্, মূসক ও আয়কর অনুবিভাগের মাধ্যমে কাজ করে। কাস্টমস ও মূসক অনুবিভাগ বিসিএস (কাস্টমস অ্যান্ড এক্সাইজ) এবং  আয়কর অনুবিভাগ বিসিএস (কর) ক্যাডার দ্বারা পরিচালিত হয়। তা ছাড়াও আইটি অনুবিভাগ এবং পরিসংখ্যান ও গবেষণা অনুবিভাগ নামে আরো দুটি অনুবিভাগ রয়েছে।